Jounnin

Tokubetsu Jounnin (上忍下)
São Jounins especializados numa área ninja e executam missões selecionadas de acordo com suas especialidades. Essas missões não só limitadas à espionagem, tortura, assassinatos e outros similares, mas também se estendem à educação e pesquisa, com cada seleção batendo de acordo com suas habilidades e conhecimento. Os ninjas desse nível também são chamados para serem os Supervisores do Exame Chunnin. Exemplos: Mitarashi Anko, Aoba Yamashiro, Asuma Sarutobi e Shikamaru Nara na fase Naruto Shippuden

Jounnin (上忍)
São a elite do vilarejo e fazem missões de nivel B, A e S. Alguns treinam gennins. Existem também os Jounnins especiais que exercem a função de examinadores no Exame Chunnin ou que são especialistas em treinar um certo tipo de ninja, como Ebisu, que é especialista em treinar ninjas candidatos a Hokage. Ou outros que já são treinados por jounins e se sobressaem e se tornam Jounnins cedo, ninjas prodigios. Exemplos: Kakashi Hatake, Maito Gai, Yuuhi Kurenai, Asuma Sarutobi, Hyuuga Neji e Kankurou e Temari na fase Naruto Shippuden

ANBU (Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai 暗殺戦術特殊部隊)
- Conjunto de ninjas que estão sob o comando direto do Kage.Fazem missões do nível S Usam máscaras de animais que representam cada um dos signos zodiacais chineses, sendo que servem para manter suas identidades em segredo dos inimigos numa missão. Geralmente são jounins e poucas vezes chunnins, mas são sempre ninjas muito talentosos. Exemplos: Yamato (Tenzou), Kakashi Hatake (ex-membro), Itachi Uchiha (ex-membro) e Sai (ex-membro).